中央要求，“两学一做”学习教育要坚持区分层次、分类指导，要以党支部为基本单位，以“三会一课”等党的组织生活为基本形式，以落实党员教育管理制度为基本依托，针对领导机关、领导班子和党员干部、普通党员的不同情况作出安排。
坚持区分层次、分类指导，就要区分不同行业实际。要结合不同领域行业实际，分系统、分类别精心指导，有针对性地制订工作方案，确定工作步骤，提出不同的实施方案、目标要求和办法措施。在农村、社区，重点落实党员设岗定责和承诺践诺制度；在国有企业和非公有制企业、社会组织，重点落实党员示范岗和党员责任区制度；在窗口单位和服务行业，重点落实党员挂牌上岗、亮明身份制度；在机关事业单位，促进党员模范履行岗位职责，落实党员到社区报到、直接联系服务群众制度；在学校，重点要求党员增强党的意识，自觉爱党护党为党，敬业修德，奉献社会。
坚持区分层次、分类指导，就要区分党员的不同层次。要在坚持普遍性标准的前提下，区分不同层次、不同群体，制定党员学习教育的具体标准。对党员，学习内容要精当适用，学习方式可以灵活多样，个人学、集体学，“线下”学、“线上”学，总的是要符合实际、管用有效；对普通党员，就是要践行党章，把“讲政治、有信念，讲规矩、有纪律，讲道德、有品行，讲奉献、有作为”落到实处。对党员领导干部，要学得更多更深一些、要求更严更高一些，在全面、系统、深入上下功夫；践行党章，践行“三严三实”，对党忠诚、个人干净、敢于担当，做党和人民需要的好干部。另外，注重加强对农民工党员、高校毕业生流动党员、离退休干部职工党员学习教育的指导，根据其工作、生活、居住、身体等情况，采取切合实际的方式方法。比如，大专以上学历的，主要通过网站教育实践专栏、微博、微信等新兴信息途径进行宣传教育。大专以下但具有阅读能力的，主要以报纸、书籍、杂志等传统信息途径。文化水平较低的，主要以参加专题辅导、观看音像资料等生动、直观的方式。退休、年老体弱的党员，开展送学、帮学活动，开设“小微课堂、流动站点课堂”。流动党员，则利用短信、书信、电话、网络等形式，开展“空中课堂”互动学习。
坚持区分层次、分类指导，就要探索务实管用的活动载体。在推进学习教育过程中，各级党组织要不断深入群众、深入基层、深入实际调查研究，切实摸清群众反映强烈的问题和影响本单位、本部门长远发展的问题，坚持把中央部署要求同本单位、本部门工作职能结合起来、同党员干部思想工作实际结合起来，为自己量身定做一套接“地气”、有“疗效”的“自选动作”，让党员干部真正坐得下来、学得进去、干得起来。在解决问题的环节上，一定要正确区分和处理好一般问题与突出问题的关系、共性问题与个性问题的关系、现在问题与以往问题的关系，抓住主要矛盾，解决关键问题，找准靶子，有的放矢。同时，要注重区分岗位职责，激活实践活动的动力源，让组织“活起来”，让党员“动起来”，组织引导党员深入学习基本理论，比理想信念坚定不坚定，争做党员先锋；钻研业务知识，比专业技能高不高，争做岗位能手；践行群众路线，比宗旨意识牢不牢，争做员工贴心人；遵守党纪法规，比法规观念强不强，争做遵纪守法典型。